Implementáciu každého programového dokumentu riadi poverený riadiaci ogán. V SR sú nimi ministerstvá: Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja, Ministerstvo hospodárstva, Ministerstvo pôdohospodárstva a MPSVaR. Riadiace orgány sú oprávnené menovať sprostredkovateľské orgány, na ktoré môžu preniesť časť svojej zodpovednosti za riadenie programov.
Inštiúciou, ktorá zastrešuje oblasť štrukturálnych fondov ako celok, je Ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja. Bolo zodpovedné za prípravu Nrodného rozvojového plánu.
Tieto ministerstvá sú zároveň riadiacimi orgánmi, čo znamená, že sú plne zodpovedné za implementáciu jednotlivých programov, za ich riadenie a kontrolu. Časť svojich úloh v procese riadenia štrukturálnych fondov môžu delegovať na tzv. Sprostredkovateľské orgány pod riadiacimi orgánmi (SORO). Sprostredkovateľským orgánom môžu byť implementačné agentúry ministerstiev, regionálne rozvojové orgány, ale aj mimovládne organizácie.
Monitorovacie výbory
Ich úlohou je monitorovať implementáciu jednotlivých programových dokumentov. Sú zriadené ku každému programu implementovaného v SR pri každom riadiacom orgáne a sú zodpovedné za schvaľovanie kritérií výberu priorít jednotlivých programov, monitorovanie výsledkov dosiahnutých v rámci jednotl.programov a pod.
SR vytvorila Monitorovací výbor pre CSF, ktorého úlohou je dohliadať na uplatňovanie Národného rozvojového plánu a fungovanie Eurofondov v SR ako celku.
Je zriadený pri MvaRR, t.j. pri Riadiacom orgáne Rámca podpory spoločenstva. Je zodpovedný za:
- koordináciu jednotlivých riadiacich orgánov v otázke čerpania finančnej pomoci z fondov EÚ,
- dohľad nad plnením NRP,
- koordináciu riadenia IT monitorovacieho systému,
- navrhuje príslušným riadiacim orgánom legislatívne opatrenia týkajúce sa štrukturálnej politiky EÚ
- navrhuje implementačné postupy v procese využívania štrukturálnej pomoci,
- na základe monitorovania v prípade potreby upravuje NRP.
Monitorovacie výbory pre jednolivé OP a JPD schvaľujú a upravujú doplnky k programovým dokumentom. Schvašujú a upravujú materiálne a finančné ukazovatele potrebné na monitorovanie čerpania finančnej pomoci z EÚ, hodnotia pokrok smerujúci k dosiahnutiu špecifických cieľov štrukturálnej pomoci. Tiež schvaľujú výročné implementačné a záverečné správy o vykonávaní pomoci.
Prostredníctvom systému monitorovania je teda možné sledovať či stanovené priority a ciele sú prostredníctvom definovaných opatrení a aktivít napĺňané.
